首先，古今的审美观不同，特别是对帝王相貌的要求，自有其独特标准，而不是以好不好看为准，其次，题主所谓“三宫六院的美女来改善基因”在明朝皇宫根本不成立，不存在这种情况。
明朝皇帝到底长啥样？好看不好看？我们先来看看明朝南熏殿的帝王画像，这个也是最正式、最接近真实情况的版本。当然了，众所周知中国古代的画像不一定画的就那么像，所以我们再看看时人对他们外貌形象的评价，看一看图片和文字能不能对上号。
（1）朱棣：“貌奇伟，美髭髯” （明史）
嗯……奇伟，胡子长而且好看，倒是差不多。
（2）明宣宗：“仪容俨恪，屹如巨人”（明实录）
巨人……额，姑且理解为这皇上打小儿长得壮吧……
（3）明英宗：“天质秀杰，龙颅魁硕，逈异常伦，巾帽皆须式样加广大为之，乃克适用”（明实录）
所谓“龙颅魁硕”实际上就是委婉的说这皇帝脑袋大，从画像上来看，头确实不小，而且脸方，更加显得头大。
（3）明宪宗：“上广额丰颐，方面大耳，目睛如漆，光彩射人”（名山藏）
额头宽、脸方而大，耳垂长……好像跟画像也差不多。
按照画像上的容貌，以我等现代人的眼光，确实称不上好看，但是，再看看文字描述，你是不是发现了什么端倪？没错，这些皇帝的长相，被文字一描绘，个个都成了“龙章凤姿”的堂堂仪表，一看就知道是帝王的长相。
因为古人对帝王相貌的审美，自有一套独特的标准，首先脸要方，额头要宽，其次鼻梁要正，鼻头要饱满，耳垂要大，目光炯炯，而且最好胡子也要有型……总而言之，得有帝王的威严、有贵气，而不是现代人意义上的“好看”。就算皇帝自身不长这个样，在画师手上画的时候，也会尽量往这个方向靠，因为这些画像不是普通画像啊，它都是有意义的啊，需要表现出帝王的气概来。而我们现在人眼中的帅、好看的相貌，给明代大臣看见，说不定就是摇头撇嘴来一句：“望之不似人君……”
至于题目中提到的“三宫六院的美女来改善基因”，在明朝更是无稽之谈。在大多数人的想象中，皇帝选妃选秀女，那都是全国性的海选，从全国挑美女，选出来的个顶个都是美人，同时也对皇家作了个“基因改良”。但明朝并非如此，首先，据《弇山堂别集》，“国朝自成祖而后，后妃不选公侯家”，选妃不选世家大族，是为了防范外戚势力影响朝政。同时，永乐以后，挑选妃子一般也遵循就近原则，只在京师附近的普通民家中挑选。（《廿二史札记》：“案明代选秀女之制，亦非通行天下，大概多在京师附近之处。”）为什么只在京师附近选秀女？因为太远的话，劳民伤财；为什么只在民间普通人家选？因为祖宗认为，富贵人家出来的女子娇生惯养锦衣玉食，娇气太重，而平民女子则比较朴素，有助于培养皇帝节俭的品格。（《谷山笔麈》：“来自民间，则习见闾阎生计，可以佐人君节俭之治。”）
由此可见，明朝皇室挑选后妃，根本就不是以外貌为第一标准，而更加看重秀女是否具备朴素端庄的气质，因此选出来的后妃往往并不以美貌见长。
（明武宗夏皇后画像）
同时，自朱元璋开始，对外戚防范极其严格，外家不一定能享受到多少优待，反而还会受到严格的限制。如明武宗夏皇后的父亲夏儒，一把年纪了，竟然有御史上疏，要求派人给夏儒上课！这位堂堂国丈就跟小学生一样还得听儒生讲学。正所谓一入宫门深似海，连皇后家都如此待遇，又有多少人家有动力把自家的漂亮闺女往皇宫送呢？所以民间听说选秀女，往往避之唯恐不及，明武宗到江南游玩，谣传选秀，一时之间，吓得江南连寡妇都纷纷改嫁，可见当时的百姓，并不认为皇宫是好去处，所以即使有漂亮的姑娘，也不乐意把他送过去选秀女。
既然后宫里甚少美女，网友们津津乐道的“基因改良”也就不复存在了。再者说，之前我们也说了，古今审美不同，明朝人眼中的“美女”，在今人眼中说不定啥都不是。
因为这两个原因，我们现在再看明朝皇帝的画像，当然就觉得不好看，再说了，皇帝好像本来也不需要多好看吧……